1985年、ゴジラ襲撃から一夜明けた西新宿では、自衛隊が廃墟内の残留放射能を検査する一方、ゴジラの体の破片を回収する作業が行なわれていた。その最中、米国企業共同体バイオメジャーもG細胞の採取に成功、自衛隊に発見され銃撃戦となる。辛くも逃げ切った彼らだが、サラジア共和国のエージェントSSS9によって全員射殺されG細胞も彼の手に渡る。サラジアに運ばれたG細胞は、白神博士の研究室で小麦などの作物と融合させ、砂漠でも育つ植物を生む実験に使用されていた。しかし、G細胞争奪戦に敗れたバイオメジャーの報復で研究室は爆破、白神博士は最愛の娘・英理加を失う。
それから5年後、三原山内において再び活動を再開したゴジラに備え、国土庁はゴジラの体内の核物質を食べる抗核エネルギーバクテリアの必要性を強く認識したが、科学者の桐島は、それが核兵器の無力化と核抑止力の不成立を意味し、各国の争奪戦が起きるという危惧を抱いていた。しかし、日に日に活動を活発化させるゴジラに対抗し得るものとして、開発に白神博士の協力を仰ぐ。彼は、1週間のG細胞の貸与を条件に抗核エネルギーバクテリアを完成させる。
数日後、芦ノ湖に巨大な薔薇の様な姿の怪獣が現れる。それは白神博士が娘と薔薇の遺伝子を融合させ、さらに永遠の命を与えるために組み込んだG細胞の影響によって誕生したビオランテという怪獣であった。
同じ頃、バイオメジャーによる、抗核エネルギーバクテリアの引渡しを求める文書が首相官邸に届く。応じぬ場合は三原山を爆破させ、ゴジラを復活させるというのだ。桐島と自衛官の権藤は引渡しに応じるが、SSS9の妨害により抗核エネルギーバクテリアは奪われ、さらに爆破された三原山からはゴジラが姿を現してしまう。
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